本系原屬數理教育學系（國立屏東師範學院），民國87 年8 月政府為加強國民小學數學與自然科學的教學，將原有數理教育學系分為「數學教育學系」及「自然科學教育學系」。民國 95 年8 月為因應國小師資培育過剩與系所轉型，改名為「應用數學系（含碩士班）」，招收對應用數學、統計、精算與計算數學領域有興趣的學生。同年通過第一週期系所自我評鑑，之後按建議改善，目前正進行第二週期大學校院系所評鑑。

100年4月開始，本系省思目前大環境現況，開始進行多次的SWOT分析，針對未來學生發展方向，持續於課程委員會檢視、調整課程之適合性，並參考SWOT分析結果，訂定本系系所策略如下：
一、利用優勢和機會：增進教育品質, 積極拓展系所之專業影響力，增廣專業服務層面，提昇師生視野，善盡社會公民責任。
二、利用機會改進內部弱點：以教學與研究成效爭取資源，以學生教育成效與畢業生表現扭轉外界刻板印象。
三、利用優勢避免威脅：以系所優勢扭轉威脅之向度，強化系所競爭力，克服環境與現況之侷限，加強系所發展。
四、克服弱點、避免威脅：保持現有的系所之發展規模，聚集研究能力，精緻教學輔導，等待時機以求突破。

本系於99學年度第2學期第1次系務會議(100.2.14)修訂應用數學系教育目標，同時，訂定本系核心能力。又於100學年度第1學期第10次系務會議(101.1.9)修訂系教育目標如下。
一、傳授數學相關專業知識。
二、培育應用數學解決問題與評價的素養。
三、啟發自我學習與團隊合作的價值。
四、訓練獨立思考與創造的涵養。

為使系所設置符合校院發展定位並達成教育目標，依據學校之基本素養、學院核心能力、學門相關領域發展趨勢擬定系所核心能力。為因應國家產業人才需求，教育部對高等教育的品質提升要求，以及全球化競爭力的挑戰，本系近幾年也積極致力於系發展方向、教育目標的調整，並循此方向指標確立學生的核心能力，進而調整課程內容、開發核心能力相關課程，建立符合系教育目標與核心能力發展之課程架構與內容。

經過仔細討論與評估，以及ＳＷＯＴ分析與對應策略，本系於系務會議與自我評鑑委員會討論通過以下近、遠發展計畫：
一、近程計畫
繼續微調課程，精緻教學輔導工作，繼續努力朝跨領域研究方向發展。
二、遠程計畫
未來若本校與屏東商業技術學院整併發展，將結合兩校資源，加強本系師資陣容，持續規劃未來發展。

綜合以上，本系從師資培育轉型至今，已經有些成果，然而在少子女化的影響之下，隨著大環境的改變，逐步調整發展方向。本系將繼續維持並發揮系所的特色與優點，繼續努力提高教學及研究品質，以提升本系之學術地位。同時健全各項行政制度，提高行政效率，並加強對外之各項服務，追求全方位之發展，確保學生擁有優良之學習環境與最佳之學習成效。